Auch die Langzeitimmunsuppression kann problematische Auswirkungen haben. Grundsätzlich kann jede der typischen Komplikationen zu jedem Zeitpunkt nach der Transplantation auftreten.
Auch die Nebenwirkungen der abwehrschwächenden Medikamente können nach der Transplantation ein wichtiges und behandlungsbedürftiges Problem von Patienten sein.
Grundsätzlich gilt: "Typische" Komplikationen der ersten Zeit können auch noch nach Jahren auftreten. Umgekehrt können "klassische Spätkomplikationen" auch bereits in der Frühphase nach der Transplantation auftreten. Ein Beispiel hierfür sind akute Abstoßungen: Diese sind in der ersten Zeit nach der Transplantation häufiger, dennoch kann eine Abstoßung auch noch nach vielen Jahren zu einem Verlust der Transplantatniere führen.