Auch die Operation selbst ist mit verschiedenen potentiellen Risiken verbunden, sodass in einigen Fällen währenddessen oder kurz danach Komplikationen auftreten können. Über die Narkoserisiken wird der Patient gesondert durch den Narkosearzt aufgeklärt.
Folgende Nebenwirkungen und Komplikationen können in seltenen Fällen unmittelbar mit der Operation verbunden sein oder kurz nach der Operation auftreten.

Vor der eigentlichen Operation steht die Einleitung der Narkose, die eigene Risiken birgt. Aus diesem Grund wird der Patient vor einer Transplantation von einem Narkosearzt (Anästhesiologe) ausschließlich über die Narkoserisiken aufgeklärt. Zu den Risiken, die in unmittelbarem Zusammenhang mit der Operation stehen, zählt die Gefahr durch den Eingriff selbst. Diese ist individuell durch den behandelnden Arzt festzulegen und mit dem Patienten zu besprechen. Bestimmte Patienten haben aufgrund einer vorbestehenden Herz- oder Kreislauferkrankung ein besonders hohes Operationsrisiko. Auch können Medikamente zur Blutverdünnung (z.B. ASS, Plavix oder Marcumar) ein erhöhtes Blutungsrisiko bedeuten. Patienten mit einer Gerinnungsstörung oder Thromboseneigung (Thrombophilieneigung) haben unter Umständen ein erhöhtes Risiko durch die Narkose und den chirurgischen Eingriff.
Die meisten mit der Operation verbundenen Risiken variieren von Patient zu Patient, je nach vorbestehenden Krankheiten, individuellen Neigungen und der Einnahme bestimmter Medikamente.
Während oder auch kurz nach der Operation kann es durch eine Blutung aus dem Wundbereich zu einem Abfall der roten Blutkörperchen kommen, sodass die Gabe von Bluttransfusionen notwendig sein kann. In sehr seltenen Fällen kann eine solche Blutung auch lebensbedrohlich sein. Bei Patienten, die gerinnungshemmende Medikamente (z.B. ASS, Marcumar) einnehmen, ist das Risiko einer Blutung erhöht. Eine Blutansammlung im Bereich der Transplantatniere wird auch als perirenales Hämatom bezeichnet. Dieser Bluterguss wird im Laufe der Zeit vom Körper abgebaut. Nur sehr selten muss ein Hämatom aufgrund seiner Größe durch eine erneute Operation ausgeräumt werden.